Shônen-ai y yaoi no son lo mismo. La diferencia está en que el shônen-ai, aunque también retrata el amor entre personajes masculinos, nunca muestra relaciones sexuales entre ellos, cosa que sí hace el yaoi. El shônen-ai sólo muestra expresiones de amor o afecto tanto verbales como abrazos o caricias. Lo más explícito que suele mostrar el shônen-ai son besos entre ambos personajes. De ahí que el shônen-ai se considere un género netamente dentro del manga shôjo.